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O CNPq criou em 2003 o "Prêmio Destaque do Ano na Iniciação Científica" com os objetivos de premiar os trabalhos de destaque entre os bolsistas de Iniciação Científica do CNPq, considerando os aspectos de relevância e qualidade de seu relatório final de pesquisa, bem como premiar as instituições participantes do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (PIBIC) que contribuíram de forma relevante para o alcance das metas do Programa.
O Prêmio foi ampliado em 2012, quando passou a ser denominado "Prêmio Destaque na Iniciação Científica e Tecnológica", alinhado com as prioridades governamentais de incentivo à inovação tecnológica. Para tanto, foi criada uma nova categoria, denominada "Bolsista de Iniciação Tecnológica", compreendendo bolsistas do PIBITI e ITI. Em 2013, os bolsistas do PIBIC-Af também participam do Prêmio.
A partir da edição de 2014 as coordenações do PIBIC, PIBITI e as instituições de pesquisa indicarão para concorrer à "etapa nacional" os bolsistas de Iniciação Científica e Tecnológica do CNPq que apresentaram os melhores relatórios, classificados ou premiados pelo comitê interno ou externo nas jornadas, salões ou seminários realizados nas instituições de ensino e pesquisa no 2º semestre de 2014. Caso a instituição não realize estes eventos, deverá receber as inscrições dos bolsistas e selecionar os melhores relatórios por meio de um comitê interno de seleção e encaminhar ao CNPq.
Para a edição de 2015 foram incluídas algumas novidades, como nas categorias Bolsista de Iniciação Científica e Bolsista de Iniciação Tecnológica poderão ser indicados bolsistas do CNPq que tenham desenvolvido projetos no período de 1º de agosto de 2014 a 31 de julho de 2015, mesmo que não haja a continuidade da bolsa para o próximo período (1º de agosto de 2015 a 31 de julho de 2016).